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学院于1999年开始试行学科制，在竹类、经济林及造林教研室的基础上成立森林培育学科，2003年全面实行学科制管理，实现了人人有学科归属、有研究方向。现有林学、生态学、生物学和中药学四个一级学科，其中林学为高峰学科、生态学为高原学科，生物学为培育学科、中药学为基础学科。林学、生态学为省一流学科（A类），林学学科入选省重点高校优势特色学科，全国排名并列第四。